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宏基因组测序,粪便宏基因组测序保存条件

admin admin 发表于2024-02-28 06:31:37 浏览13 评论0

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本文目录一览：

宏基因组测序原理？

问题一：如何用宏基因组测序？ 10分 宏基因组即生境中全部微小生物遗传物质的总和。它以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象, 以功能基因筛选和测序分析为研究手段, 以微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的。宏基因组学技术第一次使人类得以研究占环境中99%的不可培养的微生物种群，从而成为微生物研究的最前沿领域
对环境样本进行DNA提取后进行16S或18S等区域扩增，再对扩增产物进行建库、测序，然后对所得的数据进行生物信息学分析。生物信息分析主要包括OTU的生成及rank-abundance分析、取样充足性分析、丰度和多样性分析、菌群间差异分析、假设验证分析、进化树分析等。

问题二：宏基因组测序都能得到那些结果？可以用于什么研究？ 宏基因组测序，是对特定环境（或者特定生境）样品中的微生物群体基因组进行序列的测定，以分析微生物群体基因组成及功能，解读微生物群体的多样性与丰度，探求微生物与环境，微生物与宿主之间的关系，发掘和研究新的、具有特定功能的基因。宏基因组测序研究避开了微生物分离培养的过程，扩展了微生物资源的利用空间，为研究微生物相互作用提供了有效工具。阅微基因采用第二代高通量测序技术进行宏基因组学研究，无需构建克隆文库，可以直接对环境样品中的基因组片段进行测序，这避免了文库构建过程中利用宿主菌对样品进行克隆而引起的系统偏差，简化了宏基因组研究的基本操作，提高了测序效率，从而极大地促进了宏基因组学的发展。通过大量测序，可以获得样品的群落结构信息，如微生物物种在该环境下的分布情况及成员间协作关系等，通过还可以确定一些特殊的主要基于或者DNA片段。对于多个样品，还可做相应的比较分析，发掘样品间的相同点与不同点。
宏基因组测序，可以用于疾病研究，微生物种群分析，环境多样性分析，遗传多样性分析，只要有微生物的地方，就可以用到宏基因组测序

问题三：宏基因组分析和16srna的区别 功能基因芯和宏基因组测序的区别
基因组，Genome，一般的定义是单倍体细胞中的全套染色体为一个基因组，或是单倍体细胞中的全部基因为一个基因组。可是基因组测序的结果发现基因编码序列只占整个基因组序列的很小一部分。因此，基因组应该指单倍体细胞中包括编码序列和非编码序列在内的全部DNA分子。说的更确切些，核基因组是单倍体细胞核内的全部 DNA分子；线粒体基因组则是一个线粒体所包含的全部DNA分子；叶绿体基因组则是一个叶绿体所包含的全部DNA分子
转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的 *** ，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的 *** 。
从定义上看，很明显，基因组一般指的是DNA（某些只含有RNA的生物除外），而转录组则指的是RNA。

问题四：宏基因组测序和焦磷酸测序什么区别 焦磷酸测序是454高通量测序平台的测序原理，宏基因组测序是高通量测序的服务项目中的一种，就是对环境样本中提取的总DNA直接进行测序，可以采用454或者Hiseq 2000 测序平台进行测序。454读长长，拼接效果比较好，但是费用比较高；Hiseq2000 读长较短，但是通量非常高，费用比较低。你可以根据自己的科研目的和经费进行选择。

问题五：16S测序和宏基因组测序有什么区别 一、16S测序原理
16S rDNA基因存在于所有细菌的基因组中，具有高度保守性。然而该基因序列还包括9个高变区（V1-V9），通过特异性引物对某一段高变区（如V3区）或某几段高变区（如V3-V4区）进行扩增测序，然后与数据库比对，可特异性识别细菌种类。
二、宏基因组测序原理
将基因组DNA随机打断成若干条500bp的小片段（类似于拼图中的单个形状不一的模块），然后连接接头（双端120bp），在片段两端加通用引物进行PCR扩增测序。将reads进行组装拼接（类似于将众多模块拼成一副完整图片），得到基因序列，众多基因构成完整的基因集。同时将获得的reads片段或组装好的基因序列与NCBI数据库进行比对，得到物种注释结果。
对于16S测序而言，任何一个高变区或几个高变区，尽管变异性再高，对于某些物种来说，这些高变区也可能十分相近，而能够区分它们的特异性序列片段有可能不在我们的扩增区域内。换言之，非全长的可变区序列覆盖范围不够导致无法鉴定到种。
宏基因组在建库之前会先将基因组DNA随机打断成若干小片段，而这些小片段中总有一些能够包含区分2个物种的基因差异序列。由于测序深度足够深，相当于覆盖了整个基因组的信息，因此在与NCBI数据库比对时，就能够注释到相应的种水平的物种。

问题六：请问有谁做过微生物宏基因组测序，公司反馈回来的数据都包含哪些，通常一个样得多少钱？ 数据内容：
1，原始的fastq文件。
2，数据分析报告：1，数据的质控 2，序列的拼接及拼接效果评估 3，对拼接contig序列的注释
4，基因的丰度分析，门纲科目属种的丰度分析 5，样本之间差异gene的分析
6，差异基因的功能分析（GO，pathway等） 7，样本间差异显著的物种分析
8，如果样本比较多可以组微生物类群结构分析。
价格方面可以私信我留个邮箱，我可以发你一些资料和价格。

问题七：为什么微生物宏基因组 是否需要定量分析 小木虫 为什么微生物宏基因组 是否需要定量分析 小木虫
宏基因组是指特定环境中全部生物（微生物）遗传物质的总和。宏基因组测序是利用高通量测序技术对环境样品中全部微生物的基因组进行测定，以获得单个样品的饱和数据量，可进行微生物群体的基因组成及功能注释，微生物群体的物种分类，多样性分析，群落结构分析，样品间的物种或基因差异以及物种间的代谢网络研究，探索微生物与环境及宿主之间的关系，发掘和研究新的具有特定功能的基因等。与传统方法相比，基于高通量测序的宏基因组研究无需构建克隆文库，这避免了文库构建过程中利用宿主菌对样品进行克隆而引起的系统偏差，简化了实验操作，提高了测序效率。此外，宏基因组测序研究摆脱了微生物分离纯培养的限制，扩展了微生物资源的利用空间，为环境微生物群落的研究提供了有效工具。通过宏基因组深度测序可以揭示或估计环境中真实的物种多样性和遗传多样性，挖掘具有应用价值的基因资源，应用于开发新的微生物活性物质，为研究和开发新的微生物活性物质提供有力支持。

16S测序和宏基因组测序有什么区别？

16S rDNA测序及宏基因组测序都是研究微生物的重要方法，那么问题来了：这两者到底有什么区别呢?什么情况下需要做16S测序?什么情况下需要做宏基因组测序?什么情况下需要二者结合使用呢?
在解决这个问题前，我先要来说说什么是 宏基因组测序：
微生物测序研究常用手段包括16S等扩增子测序和宏基因组测序，这两者技术手段的主要区别如下：
16S rDNA基因存在于所有细菌的基因组中，具有高度的保守性。该序列包含9个高变区和10个保守区(如下图)，通过对某一段高变区序列(V4区或V3-V4区)进行PCR扩增后进行测序，得到1500bp左右的序列。宏基因组测序则是将微生物基因组DNA随机打断成500bp的小片段，然后在片段两端加入通用引物进行PCR扩增测序，再通过组装的方式，将小片段拼接成较长的序列。
16S测序主要研究群落的物种组成、物种间的进化关系以及群落的多样性。宏基因组测序在16S测序分析的基础上还可以进行基因和功能层面的深入研究(GO、Pathway等)。
16S测序得到的序列很多注释不到种水平，而宏基因组测序则能鉴定微生物到种水平甚至菌株水平。对于16S测序而言，任何一个高变区或几个高变区，尽管具有很高的特异性，但是某些物种(尤其是分类水平较低的种水平)在这些高变区可能非常相近，能够区分它们的特异性片段可能不在扩增区域内。宏基因组测序通过对微生物基因组随机打断，并通过组装将小片段拼接成较长的序列。因此，在物种鉴定过程中，宏基因组测序具有较高的优势。
Tips： 通常情况下，在微生态研究中，建议同时结合宏基因组测序和16S测序两种技术手段，可以更高效、更准确地研究微生物群落组成结构、多样性以及功能情况。

谁知道宏基因组三代测序的优缺点？

如何用宏基因组测序 宏基因组学这一概念最早是在1998年由威斯康辛大学植物病理学部门的JoHandelsman等提出的，是源于将来自环境中基因集可以在某种程度上当成一个单个基因组研究分析的想法，而宏的英文是“meta-”，具有更高层组织结构和动态变化的含义。后来伯克利分校的研究人员KevinChen和LiorPachter将宏基因组定义为“应用现代基因组学的技术直接研究自然状态下的微生物的有机群落，而不需要在实验室中分离单一的菌株”的科学。
①.一代测序
优势：
1. 第一代测序技术的准确性远高于二、三代测序，因此被称为测序行业的“金标准”；
2. 第一代测序每个反应可以得到700-1000bp的序列，序列长度高于二代测序；
3. 第一代测序价格低廉，设备运行时间短，适用于低通量的快速研究项目。
劣势：
1. 第一代测序技术一个反应只能得到一条序列，因此测序通量很低；
2. 第一代测序技术虽然单个反应价格低廉，但是获得大量序列的成本很高。
②.二代测序
优点：
1. 一次能够同时得到大量的序列数据，相比于一代测序技术，通量提高了成千上万倍；
2. 单条序列成本非常低廉。
缺点：
1. 序列读长较短，Illumina平台最长为250-300bp，454平台也只有500bp左右；
2.由于建库中利用了PCR富集序列，因此有一些含量较少的序列可能无法被大量扩增，造成一些信息的丢失，且PCR过程中有一定概率会引入错配碱基
③.三代测序
优点：
1. 无需PCR扩增，不会人为的引入突变；
2. 超长读长，平均读长可达到10Kb，最长读长可以达到40Kb；
3. 覆盖均匀，无GC偏好性；
4. 通过reads的自我矫正，10X以上准确率能够达到99.9%；
5. 可以直接检测到甲基化信息，同步进行表观遗传学识别。
缺点：
1. 单条序列错误率较高，平均核苷酸准确性不到85%；
2. 测序成本较贵。想了解更多前沿咨询、行业进展以及病毒组相关知识，可以微信或百度搜索“基因帮”。

二代测序和宏基因组的区别

二代测序和宏基因组的区别在于：1、二代测序是宏基因组学研究的主要测序方法。以典型的二代测序平台Illumina为例，其测序原理是基于桥式聚合酶链式反应（PCR）的边合成边测序，特点是读长短、准确性高。和一代测序相比，具有测序速度快、准确性高以及成本低的优良特性。2、宏基因组测序的定义：宏基因组测序(MetagenomicsSequencing)是对环境样品中全部微生物的总DNA(也称宏基因组：Metagenomic)进行高通量测序，主要研究微生物种群结构、基因功能活性、微生物之间的相互协作关系以及微生物与环境之间的关系。宏基因组测序研究摆脱了微生物分离纯培养的限制，扩展了微生物资源的利用空间，为环境微生物群落的研究提供了有效工具。

宏基因组测序公司哪个好

宏基因组测序（mNGS）描述了样本中存在的所有DNA或RNA信息，从而能够分析整个微生物组以及患者样本中的人类宿主基因组或转录组，让致病微生物无所遁形。

病原微生物宏基因组测序国外代表公司有IDbyDNA、Karius，国内代表公司有华大基因、迅敏康、微远基因、予果生物/微码生物、金域检验、深圳谱元、华点云、金匙基因、赛哲生物、碳云智能、杰毅生物等。国内华大好些，国外Karius好些。

宏基因组测序中插入片段是什么意思

宏基因组即生境中全部微小生物遗传物质的总和.它以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象,以功能基因筛选和测序分析为研究手段,以微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的.宏基因组学技术第一次使人类得以研究占环境中99%的不可培养的微生物种群,从而成为微生物研究的最前沿领域对环境样本进行DNA提取后进行16S或18S等区域扩增,再对扩增产物进行建库、测序,然后对所得的数据进行生物信息学分析.生物信息分析主要包括OTU的生成及rank-abundance分析、取样充足性分析、丰度和多样性分析、菌群间差异分析、假设验证分析、进化树分析等.

宏基因组测序都能得到那些结果？可以用于什么研究？

宏基因组测序能得到菌种组装信息、基因预测结果、物种丰度，功能丰度、耐药基因信息、组间比较差异分析、环境因子关联分析等结果。
可以用于医学领域、畜牧领域、农业领域、环境领域、生物能源和特殊极端环境等方面的研究。
宏基因组测序，是对特定环境（或者特定生境）样品中的微生物群体基因组进行序列的测定，以分析微生物群体基因组成及功能，解读微生物群体的多样性与丰度，探求微生物与环境，微生物与宿主之间的关系，发掘和研究新的、具有特定功能的基因。宏基因组测序研究避开了微生物分离培养的过程，扩展了微生物资源的利用空间，为研究微生物相互作用提供了有效工具。阅微基因采用第二代高通量测序技术进行宏基因组学研究，无需构建克隆文库，可以直接对环境样品中的基因组片段进行测序，这避免了文库构建过程中利用宿主菌对样品进行克隆而引起的系统偏差，简化了宏基因组研究的基本操作，提高了测序效率，从而极大地促进了宏基因组学的发展。通过大量测序，可以获得样品的群落结构信息，如微生物物种在该环境下的分布情况及成员间协作关系等，通过还可以确定一些特殊的主要基于或者DNA片段。对于多个样品，还可做相应的比较分析，发掘样品间的相同点与不同点。
宏基因组测序，可以用于疾病研究，微生物种群分析，环境多样性分析，遗传多样性分析，只要有微生物的地方，就可以用到宏基因组测序

宏基因组检测和全外显子检测有什么区别？

全外显子检测一些标本量少的家族性的致病基因 基因检测通过检测一滴或其他组织细胞 分析所含有的各种易感基因的情况 从而起预测身体患疾病的风险 比如做耳基因检测 就可以知道未出生或者刚出生的小宝宝是否对耳毒性药物敏感 起到很好的预防作用
宏基因组检测是做环境微生物的基因组。其关键在于环境的宏，包括人体内的环境，和自然环境等。通过对一个体系中所有存在的生物进行基因组层面的测序来分析个体在某个特定情况下中所存在的物种多样性，目前通常覆盖的病原体数目超过10000种。全外显子检测，强调全面，是高通量测序的一种方式。通常所说的全外检测是指通过特定的外显子捕获试剂盒将人的基因组编码区序列进行杂交捕获，然后通过高通量测序仪进行测序的这个过程，外显子组测序的结果常用于某些罕见遗传病，或者多基因遗传病的致病基因突变分析。

宏基因组基础知识

宏基因组学（Metagenomics）也称为元基因组学，是以样品中的微生物群落作为整体进行研究的学科。自然界中约有99%的微生物是不能在实验室条件下进行纯化培养的。宏基因组学研究不要求对每个微生物进行分离纯化培养，而是直接从样品中提取基因组DNA后进行测序分析。通过宏基因组测序，能够解释微生物群落多样性、种群结构、进化关系、功能活性及环境之间的相互协作关系，极大地扩展了微生物学研究范围。

目前宏基因组测序可以分为环境微生物多样性检测和宏基因组de novo测序。其中环境微生物多样性检测是指通过对环境中微生物16S rDNA高变区/ITS 的PCR扩增产物进行高通量测序，分析该环境下微生物群落的多样性和分布规律。宏基因组de novo测序是指对环境样品中所有微生物基因组DNA片段化后进行高通量测序，然后进行序列组装和基因注释，获得部分不可纯培养微生物的基因组序列，分析该环境下所有微生物基因集信息。

广义的metagenomics包括宏基因组测序和扩增子16S测序。16S测序相比宏基因组测序来说，价格更加便宜。利用16S技术对大量样本进行测序分析后，首先发现并阐明不同条件的样本间微生物组成以及多样性差异，然后挑选个别有代表性的样本，进行宏基因组测序，从而可以验证16S的分析结论、更加深入的阐明群落的功能情况，更好地说明微生物群落与环境之间的关系。可以简单的理解为，16S是指测了一部分的基因组的宏基因组。

宏基因组 ：宏基因组测序是指对微生物群体进行高通量测序（我的理解是因为很多情况下，微生物群落很难分离，所以只能一堆微生物一起拿来测序分析了），分析特定环境中微生物群体基因组成及功能、微生物群体的多样性与丰度，进而分析微生物与环境、微生物与宿主之间的关系，发现具有特定功能的基因。宏基因组测序无需分离纯培养微生物，较大扩展了微生物资源的利用，为环境微生物群落的研究提供了有效工具。宏基因组深度测序可以揭示或估计环境中真实的物种多样性和遗传多样性，挖掘具有应用价值的基因资源，应用于开发新的微生物活性物质。宏基因组研究分两个方向：扩增子测序和全基因组测序。

扩增子 ：扩增子（amplicon）为DNA或RNA扩增后的一段核苷酸序列。比如通过PCR扩增得到的某个基因的扩增片段。更简单的说，经过人工扩增的DNA片段或RNA片段、扩增产物。

扩增子测序 ，涉及特定序列位点的PCR扩增，通常是16S/18S rDNA。宏基因组的物种分类，一般用OUT（operational taxonomic unit），即可操作单元来表示。通常原生生物使用16S rDNA来衡量，真核生物的OUT使用18S rDNA来衡量。我的理解是，选取一段特别的DNA片段来测序，这段DNA还可以区分不同的菌落

为什么用16S，而不是其他15S或者17S呢

16SrRNA 为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。细菌rRNA（核糖体RNA）按 沉降系数 分为3种，分别为5S、16S和23S rRNA。16S rDNA是细菌染色体上编码 rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌染色体基因中。16SrDNA是细菌的系统分类研究中最有用的和最常用的分子钟，其种类少，含量大（约占细菌RNA含量的80%），分子大小适中，存在于所有的生物中，其进化具有良好的时钟性质，在结构与功能上具有高度的保守性，素有“细菌化石”之称。在大多数原核生物中rDNA都具有多个拷贝，5S、16S、23S rDNA的拷贝数相同。16S rDNA由于大小适中，约1.5Kb左右，既能体现不同菌属之间的差异，又能利用测序技术较容易地得到其序列，故被细菌学家和分类学家接受。

沉降系数 ：沉降系数（sedimentation coefficient）用离心法时，大分子沉降速度的量度，等于每单位离心场的速度。或s=v/(ω^2*r)。s是沉降系数，ω是离心转子的角速度（弧度/秒），r是到旋转中心的距离，v是沉降速度。沉降系数以每单位重力的沉降时间表示，并且通常为1～200×10的-13次方秒范围，10的-13次方这个因子叫做沉降单位s，即1s=10^-13秒，沉降系数对于生物大分子来说，多数在(1~500)×10^-13秒之间，如血红蛋白的沉降系数约为4×10的-13次方秒或4s。

粪便宏基因组测序保存条件

粪便宏基因组测序保存条件无菌保存管。用无菌勺对新鲜的粪便进行挖取，将粪便样本放入无菌保存管中，样本需1g左右。采集好的样本立刻放入-80℃冰箱进行低温保存。1.2小鼠粪便样本的采集对于小鼠粪便样本的采集，建议采用拎尾法进行采集。小鼠排便后用灭菌的镊子夹取小鼠粪便，样本通常需1g左右，最少不低于0.2g。样本采集后立刻放入-80℃冰箱进行低温保存，如果样本珍贵，需要进行备份。1.3大鼠粪便样本的采集在取样当天换无菌垫料单独喂养大鼠，用灭菌的镊子夹取大鼠的粪便，当收集完一只大鼠的粪便后，用酒精擦拭镊子进行灭菌，继续收集另外一只大鼠的粪便。收集好的粪便放入无菌的EP管。