日本人在自制电脑系统软件方面有不少成果，以下是一些较为知名的：
- TRON 操作系统：1984 年诞生，由日本计算机工程师坂村健开发。它是一种内嵌式操作系统，主要在微处理器中运行，在个人电脑领域知名度较低，但在全球微处理器操作系统市场占据约 60% 的份额，已安装到全球 30 亿到 40 亿台家用电子产品中，如日本的手机、数码相机、汽车等设备。该系统是公开源代码的软件，具有成本合算的优点，工程师们可根据自身需求对其进行改动。
- Susie：是由日本的竹村嘉人制作的基于 Microsoft Windows 操作系统的免费电脑绘图观看程序。分为对应 16 位操作系统的 Susie 和对应 32 位操作系统的 Susie32。程序本身只支持 BMP 格式，但通过各种插件可支持众多图像格式，包括游戏 CG 的专用格式，也有插件能使其浏览动画及音乐，在游戏资源提取方面具有实用性。
- ToaruOS：由日本人 klange 开发。2010 年，klange 出于对操作系统及内核开发的热爱开始研究学习类 Unix 系统，2015 年推出 ToaruOS 的 1.0 版本。这是一款业余爱好者使用的具有教育演示性质的 Unix - Like 操作系统，可在 x86/x64 平台上运行，部分 ARMv8 平台也可实验性测试运行。它通过自建的编译器工具构建自己的内核、用户空间、库和引导加载程序，并能转换成可用的 ISO 镜像。
